На дворе 2029 год. В результате прорывных открытий в области кибернетики, люди получили возможность имплантировать роботизированные аналоги человеческих конечностей. Майор Мотоко Кусанаги, сотрудник 9-го отдела общественной безопасности, занимается делом таинственного хакера, известного под псевдонимом Кукловод.
С завершением последней глобальной войны научный прогресс достиг небывалых высот, позволив каждому индивиду продлить существование за счет кибернетических имплантатов. Население Земли объединено в единую сеть под названием "Призраки". Распространились кибернетические атаки, направленные на хищение воспоминаний и захват тел. После трагической гибели премьер-министра Японии, майор Мотоко Кусанаги и возглавляемый ею Девятый отдел начинают расследование, чтобы выявить виновников
В период народных гуляний, когда подразделение подавления бунтов открывает огонь по безоружным гражданам, майору и ее группе ставится задача обнаружить кибер-преступника, известного под именем Fire-Starter.
В 2034 году, спустя два года после ухода Майора Кусанаги из Секции 9, Тогуса возглавляет значительно расширенный штат. Новый, усиленный 9-й отдел сталкивается с чередой непростых происшествий, указывающих на вмешательство некоего Кукловода - выдающегося хакера. Секция 9 шаг за шагом, с большим умением, связывает воедино цепь загадочных событий. Кто же такой Кукловод? Как сложатся отношения Бато и Мотоко? Какова истинная цель этого тщательно спланированного преступления? И чем все это кончится?
Действие киноленты происходит спустя год после окончания Четвертой мировой. Мотоко Кусанаги, кибернетически улучшенный оперативник и талантливая хакерша из секретного 501-го отдела вооруженных сил, оказывается в центре расследования теракта.
Завершив службу в 501-м подразделении, Мотоко Кусанаги сталкивается с необходимостью подчиняться распоряжениям Арамаки. Неизвестный злоумышленник проникает в защищенные сети государственной безопасности, что заставляет Бато обратиться к Исикаве, ветерану военной разведки, и Борме, бывшему специалисту по воздушным операциям. Кусанаги также стремится привлечь в новообразованный 9-й отдел госбезопасности Сайто, снайпера, и Паза, агента под прикрытием из полиции. Внутри нового подразделения между
Под руководством майора Мотоко Кусанаги, Бато и группа специалистов из элитного Девятого отдела улаживают сложную международную ситуацию с захваченными заложниками, преследуют боевого робота, вышедшего из-под контроля на военном полигоне, и занимаются расследованием цепи суицидов среди устаревших моделей андроидов. После трагической гибели давнего товарища Тогусы, команда выходит на след неуловимого и таинственного киберпреступника, известного как Смеющийся Человек.
После ряда кибернетических модификаций, превративших ее в киборга, майору Мотоко Кусанаги поручают работу под руководством Дайсукэ Арамаки, чтобы раскрыть дело, связанное со взрывом. К этому расследованию Арамаки также привлекает Бато, опытного бойца и бывшего рейнджера, замешанного во множестве кровопролитных столкновений в Южной Америке, а также детектива Тогусу. Это трио должно объединить усилия, чтобы противостоять террористической угрозе.
В криминальном мире Лос-Анджелеса Нил МакКоли занимает лидирующую позицию. Ему бросает вызов Винсент Ханна, лучший детектив города. В этой опасной игре два мощных коллектива становятся противниками, и исход их противостояния может быть фатальным.
Опытный командир особого подразделения армии США, генерал Фрэнсис Хьюмел, используя своих лучших бойцов, завладевает ракетами, снаряженными отравляющим газом. После этого он берет в плен группу путешественников, удерживая их в стенах старой тюрьмы Алькатрас. Хьюмел ставит директору Федерального Бюро Расследований ультиматум: перевести на его банковский счет 100 миллионов долларов, иначе Сан-Франциско подвергнется ракетной атаке.
